この間まで動いていたCWLが動かないときに確認したいこと。rawのURLかどうか

この記事は、 Common Workflow Language (CWL) Advent Calendar 2019 - Qiitaの13日目と、 Common Workflow Language (CWL) Advent Calendar 2020 - Adventarの23日目の記事です。

CWLワークフローとして githubのアドレスを書いたときなどに、rawではないデータのURLを渡してしまう。

このような減少になったときは、だいたい以下のようなことを思う、口に出すので、rawかどうかを確認

• この前まで動いていたCWLが動かない。
• 昨日までvalidateがとおっていたのに、通らない
• うーん、 ブラウザでgithub のコードや履歴見ても問題がない

だいたいこのような場合　CWLとして指定しているURLがgithubの普通のHTMLページで rawではないところを指定している。

そして最近rawのアドレスが変わっている。 ということに気づくようになります。

違いを目で見るけることは難しい

以下に例をだしておきますが、ぱっとみ、まちがっているかどうか判定が難しい気がします。

validateが通らない例

rawのURL渡していない HTMLが返るURLを渡している

cwltool --validate \
https://github.com/pitagora-network/DAT2-cwl/blob/develop/workflow/meta16s-seq/meta16s-seq.demo.cwl

うまくvalidateが通る例

rawのURL渡している

cwltool --validate \
https://github.com/pitagora-network/DAT2-cwl/raw/develop/workflow/meta16s-seq/meta16s-seq.demo.cwl