cwltoolをインストールする2020

この記事は、Common Workflow Language (CWL) Advent Calendar 2020 - Adventar の4日目と、 Common Workflow Language (CWL) Advent Calendar 2019 - Qiita の12日目の記事になります。

2020年、とりあえずCWLを動かしたいので、cwltool をいれたいとしたときの入れ方について

python3 で venv を使って仮想環境を作りそこに、インストールするのが簡単

python3 -m venv venv
source venv/bin/activate
pip install cwltool

その他の方法

debian

aptで入る。 stableだと少し古いかもしれないが、ちょっと試したいならそれでもよいかもしれない

2020年12月4日のパッケージの状況Debian -- Package Search Results -- cwltool

Package cwltool
stretch (oldstable) (science): Common workflow language reference implementation
1.0.20170114120503-1: all
buster (stable) (science): Common Workflow Language reference implementation
1.0.20181217162649+dfsg-10: all
bullseye (testing) (science): Common Workflow Language reference implementation
3.0.20200807132242-2: all
sid (unstable) (science): Common Workflow Language reference implementation
3.0.20200807132242-2: all

ubuntu

aptで入る。 Ubuntu – Package Search Results -- cwltool

Package cwltool
bionic (18.04LTS) (science): Common Workflow Language reference implementation [universe]
1.0.20180302231433-1: all
focal (20.04LTS) (science): Common Workflow Language reference implementation [universe]
2.0.20200224214940+dfsg-1: all
groovy (20.10) (science): Common Workflow Language reference implementation [universe]
3.0.20200807132242-2: all
hirsute (science): Common Workflow Language reference implementation [universe]
3.0.20200807132242-2: all

コンテナに関して

cwltoolから、docker を呼び出したいとすると、docker in dockerの状況になる。これについては、別記事を書く予定

Written on December 4, 2020