CWL output Debug

CWL output Debug

この記事は、Common Workflow Language (CWL) Advent Calendar 2020 - Adventar の２日目と、 Common Workflow Language (CWL) Advent Calendar 2019 - Qiita の６日目の記事になります。

CWLで出力に何か問題がありそうなとき

CWLを実行したときに、 出力に問題がありそうなときは、とりあえず outputs を以下に差し替えて様子を見るのがいいと思います。

outputs:
  - id: all-for-debugging
    type:
      type: array
      items: [File, Directory]
    outputBinding:
      glob: "*"

ここまでで今日紹介したいことのほぼ全てです。 以下は参考情報

動くサンプル

curl_get_something.cwl として以下を保存します。

class: CommandLineTool
cwlVersion: v1.0
baseCommand: curl
arguments:
  - -O
  - $(inputs.URL)
inputs:
  - id: URL
    type: string
outputs:
  - id: all-for-debugging
    type:
      type: array
      items: [File, Directory]
    outputBinding:
      glob: "*"

実行方法

cwltool curl_get_something.cwl --URL "https://raw.githubusercontent.com/manabuishii/cwl-samples/master/multifile-grep-wc/README.md"

実行結果の成果物の確認

$ ls
README.md
curl_get_something.cwl

cwlの中では、明示的に README.md を回収するようには書いていないが、 出力されたファイルをすべて回収してきてくれている。

このブログで紹介したいこととは逆に以下のように置き換えると、 何も回収されないです。

outputs: []

ぜひみなさんたしかめていただきたいです。

参考情報

CWLのより詳しい情報は、以下のCWL advent calendarの初日の記事をみていただくと、よいとおもいます。

Common Workflow Language 関連リンク集 (2020年冬)

Written on December 2, 2020